Program Al-Qur’an menekankan pembelajaran membaca Al-Qur’an sesuai kaidah tajwid, memperbaiki makhraj huruf, serta membangun kedisiplinan dan adab dalam membaca Kitabullah. Guru memberikan pembinaan secara bertahap, mulai dari penguatan dasar-dasar huruf, latihan tartil, hingga memperbaiki bacaan yang kurang tepat. Selain kemampuan membaca, siswa juga diperkenalkan pada pemahaman makna ayat-ayat pilihan yang berkaitan dengan akhlak, ibadah, dan motivasi hidup. Melalui program ini, diharapkan setiap siswa memiliki bacaan Al-Qur’an yang baik dan menjadikan Al-Qur’an sebagai pedoman hidup.